在古代中国，由于水利设施多是政府兴修，水的分配权自然掌握在国家手中。即使清代在陕西关中地区出现用水户自行买卖水权的现象，但国家始终没有承认水权交易的合法性。

　　从新中国成立到改革开放前，由于水资源相对丰富，我国确立了公共水权的基本原则，即自由取用为主。

　　1949年11月，水利部就提出：“所有河流湖泊均为国家资源，为人民公有，应由水利部及各级水利行政机关统一管理。不论人民团体或政府机构举办任何水利事业，均须先行向水利机关申请取得水权——水之使用权和受益权。”

　　正是这一“国家所有”的模糊规定，使得水权问题也变成了一个模糊的问题。一个最浅显的问题是：一条河，沿途的各个地方都要用水，水到底属于谁？

　　1954年，国家计委组织编制黄河流域综合利用规划，首次对黄河水资源进行分配。但因为缺乏实施机制，这一计划最后胎死腹中。

　　在黄河上游和下游河段，有关省区只好在私下里达成了饮水的分配比例。如在1959－1961年间，河南、山东、河北三省达成协议，枯水季节按2∶2∶1的比例引水。

　　1987年，国务院批准《黄河可供水量分配方案》，将当时黄河水的一大半分配给流域内的省区。要求沿黄河各省区制定各自的用水计划。它至今仍是各省区调配水资源的基础。

　　1988年的春天，中国第一部水事大法《中华人民共和国水法》正式出台，由此确定了一系列水资源管理基本制度。

　　特别在没有建立水量分配的实施机制的情况下，分水方案难以有效落实。个别省份违规超采的问题突出，无法解决地区之间的争水矛盾。20世纪90年代，黄河甚至还因此而断流。

　　1999年，黄河水利委员会正式实施对流域水资源的统一调度，并成立专门的调度部门——水利部黄河水利委员会。引黄各省每年申报用水需求，水利部审批后，报国家计委备案。

　　2001年，水资源的稀缺迫使位于浙中盆地的义乌在2001年出资2亿元向毗邻的东阳市买下了近5000万立方米水资源的永久使用权。这也促成了中国史上的第一宗水权交易协议。与此同时，甘肃张掖、四川绵阳、辽宁大连等地区也开始了水权交易的试点。

　　叫好者认为此举打破了行政垄断水权分配的传统，开市场配置水资源的先河。但反对者则认为这不过是水利部门的异地供水罢了，转让并无法律依据，且有违国家制度。

　　官方意义上的水权制度的确立始于2005年1月11日，水利部下发《水权制度建设框架》，此文件亦被称为开展水权制度建设的指导性文件。按照该框架的构想，国家拥有水资源的所有权，而水资源的所有权则被分配到用水户，用水户可以用分配到的初始水权进行转让和交易。